Про конденсатор я читал, емкость более чем достаточная. Возможно проблема заключается в типе конденсатора. Для гашения импульсов самоиндукции в проводке от работы импульсного преобразователя необходимы конденсаторы Low ESR. Подобные импульсы самоиндукции в длинной проводке легко выбивают FETы в регулях, также легко выбьют FETы и в преобразователе зарядника.
P.S. Забыл добавить, индуктивность двухпроводной линии прямо пропорциональна длине линии, расстоянию между жилами и обратно пропорциональна диаметру жил. Т.е. увеличение сечения проводов практически не изменяет индуктивность, так как одновременно увеличивается расстояние между жилами. В итоге индуктивность линии зависит практически только от длины линии.