Думаю для начала надо всётаки определится заряжать будет с баллансировкой или без таковой! (Важно)
Если с балансировкой то:Если одна батарея разряжена на 50% а другая на 70% и зарядник умный, то он будет верещать как умалишенный и зарядить не даст
Если зарядник
умный то ему пофигу насколько батареи по разному разряжены, так как зарядник следит за каждой банкой, но изза этого время зарядки 2 по 3S (тобишь 6S) будет дольше чем еслибы 3S, при этом подразумеваем что токи зарядки одинаковые. А зарядить не даст только в том случае если какая либо из банок (или несколько) убиты намертво.
Поясню, 3S=11В заряжаем к примеру током 2А тобишь зарядник будет расходовать примерно 26W, для зарядки одновременно 2 по 3S током 2А зарядник должен быть мощнее в 2 раза тобишь 6S=22B и ток 2А = 52 W. Если зарядник
умный 
(Пример:
Такой) но расчитан на меньшую мощность то он автоматически снизит ток заряда до примерно 1.8-1.9А(актуально только в данном примере).
Время заряда 2 по 3S увеличится изза того что как только любая банка достигает (в зависимости от зарядников) приблизительное напряжение в 4.12В-4.18В она отключается от заряда, а зарядник продолжает заряжать остальные до примерно тогоже порога. Начиная с этого пророга умный зарядник балансирует банки токами примерно
100-300мА. Так вот чем больше банок тем больше время баллансирования, ведь ему нужно сравнять напряжение теперь уже на 6 банках, а не на 3.
Если без балансировкой то:ну нафиг заряжать без баллансировки

убьёте акки нафиг

Для примера:
По чистой случайности сегодня взял с собой 4шт 3S, спаял их для 500ки и теперь у меня 2шт 2по3S, на одной спайке один из акков с напряжениями 3.0-3.2В, на другом все 3 банки по 3.84В. Вот прям сейчас подключил их к заряднику и заряжаю, никаких панических писков не наблюдаю, ток заряда выставлен был 2А, но показывает что заряжает током 1.8А :-) просто зярядник не тянет больше на акках в 6S (но думаю если блок питания для него поставить помощнее то вытянет чуть больше 2А, ток грется будет скорее всего).
Фсё, я закончил, спасибо за внимание, жду критики
