Для a123 надо действительно ствить джампер.
По поводу калибровки. У нас всегда есть точное напряжение на батарее в сумме.
Делим на количество банок и получаем напряжение к которому нужно привязать каждую банку. Минимальное также легко вычисляем из общего.
То есть привязка нужна для устранения ошибок вносимых соединениями и элементами в измерительных цепях каждой банки. При этом очень упрощаются требования к деталям. И вся точность будет определяться в основном только параметрами АЦП.
По поводу мулиьтиплексоров я тоже облизывался

но это пока только мечта. Хотя можно все сделать на релюшках : )
Либо нужен многоканальный коммутатор в входным напряжением до 50-ти вольт. Я пока такой не нашел.
У меня была мысль сделать каждый канал автономным на TL431 и в случае опускания ниже нормы через оптопару выдавать комманду.
выходы оптопар можно объединить в монтажное "и". И если один из таранзисторов/диодов закроется обработать ошибку.
При этом можно использовать любой контроллер, либо просто зижигать яркий диод. Настроек минимум, количество деталей тоже не очень велико.
Но тут нас ждала засада

В сумме на диоде оптопары и TL431 получаем 2.5+1 =3.5, что явно выше нашего минимально контролируемого уровня. Следовательно надо ставить дополнительный транзистор.... уже не так красиво ... Хотя балансир (ограничивающий)на TL431+мощный транзистор получается
очень даже хороший.