Помучил железо и софт еще немного.
Сделал БПФ на контроллере и фильтр на его основе. И могу сказать результат мне понравился. Точнее не сам еще результат, но направление, оно выглядит верным.
Для запытания системы установил на плату вибратор из моторчика от 250-ки и прилепленного на него эксцентрика.
Вибрация была такая, что в руках держать было утомительно. Одна плата не выдержала издевательств, потом мотор накрячился. Короче, было все приближено к боевой обстановке

И надо признать, в целом работало. Есть еще что настраивать, но результат намного лучше комплементарного фильтра и по быстродействию и по форме сигнала. Гладкости еще есть за счет чего добавить.
Единственный минус - вычислительная мощность. У меня на плате работало 3 БПФ для отображения спектра, 6 БПФ туда-обратно для фильтра, 3 комплементарных + служебная хрень и плата работала с большим трудом. Посылки по usb периодически пропускались. Были тормоза в отображении. Хотя я не использовал оптимизированные библиотеки под ядро cortex. Не было времени изучить. Важно было понять принцип.
Осталось проникнуть в секту свидетелей Калмана и реализовать на контроллере Гильберта, нашего Хуанга

Боюсь сразу все это не потянуть одному процу.
На картинках обозначено:
Acc - акселерометр
Rx Ry Rz - гиры
FFT - спектр до 500 Гц
_F - отфильтровано Фурье
_С - комплементарный фильтр