Я делаю так, малым током разряжаю до 3.2 вольта на банку а потом малым током заряжаю.
Емкость батареи правильно проверять на разряде.
Малым током (0.2С - 0.3С) полностью зарядить, после чего таким же током разрядить до 3.2 вольт на банку.
Минимально допустимое напряжение при разряде устанавливается производителем, для литий-полимерных батарей как правило 2.8 вольт (разница в емкости между 3.2 и 2.8 вольт будет не значительна и ею можно пренебречь)
Можно проверять и большим током в 1С, хорошие батареи и при таком токе покажут заявленную емкость.